突如現れ、人々に襲いかかる魔物ファントム。 彼らはなぜこの世界に解き放たれ、人間たちを襲うのか？ 警察の抵抗をいとも簡単に跳ね返すファントムたちに、人間たちは為す術もなく滅ぼされてしまうのか？ ファントムの狙いは、“絶望”の種を抱えた人間たち＝ゲート。 ゲートを追い詰め、立ち直れないほどの絶望へと追い落とした時、ゲートは人間としての生命を失い、ファントムを生み出していく…。 そんなゲートを“絶望”の淵から救い出す魔法使いが現れた！ 青年・操真晴人は指輪を使って変身。 フレイム、プリーズ！ 仮面ライダーウィザードは巧みに魔法を操り、多彩な攻撃でファントムを追い詰める。 例え“絶望”が人間の命を奪い、ファントムに変えようとしても、エンゲージリングで、その人間の深層世界＝アンダーワールドへと飛び込み、強大な敵を粉砕。新たな“希望”という生命を与えてくれる。 そんな晴人はなぜ魔法使い、仮面ライダーウィザードとなる宿命を背負ってしまったのか？ 晴人をサポートする謎の美少女コヨミが抱える運命とは？ さまざまな謎をはらみつつ、晴人とコヨミの人類を“絶望”から救い出す、ファントムとの戦いは続いていく。 「さぁ、ショータイムだ！」